Les commerçants paient une commission (Merchant Service Charge, MSC) à l’Acquirer, qu’ils négocient ensemble.
En règle générale, elle est perçue en pourcentage du montant de la transaction que le détenteur de la carte de crédit paie avec sa carte. Une partie de la commission est transmise par l’Acquirer à l’Issuer sous forme de commission d’interchange. La partie restante de la commission permet à l’Acquirer de couvrir ses coûts de licence ainsi que les frais découlant du traitement de la transaction (notamment pour exiger le prix de vente à l’Issuer, rembourser le montant au commerçant) et du recrutement/suivi des clients.